Shinigami sustituto

Ambas promesas entran en conflicto cuando llega la orden de detener a Rukia en el mundo humano. Byakuya y su subordinado Renji Abarai son enviados para esta misión sin embargo Ichigo Kurosaki se interpone, tras ver a su Teniente fracasar, Byakuya derrota fulminantemente a Ichigo con su senka y destroza su Zanpakutō, llevándose a su hermana y dejando al joven shinigami malherido.

Sociedad de Almas

Ya en la Sociedad de Almas Byakuya acepta sin protestas la decisión de la Cámara de los 46 de ejecutar a Rukia, al salir se topa con Zaraki Kenpachi y Gin Ichimaru capitanes de la 11va y 3.ª división respetivamente, con quienes empieza a tener una discusión y por poco y termina teniendo un enfrentamiento con Zaraki siendo detenidos por el propio Ichimaru, después incluso se muestra severo con el propio Renji cuando es derrotado por Ichigo Kurosaki, que lidera un grupo de rescate en el mismo Seireitei. Byakuya frustra los intentos de rescate de los amigos de su hermana. En el Palacio de la Penitencia se enfrenta y derrota a Ganju Shiba cuando junto a Hanatarō Yamada pretendía rescatarla usando a Senbonzakura. La aparición de Jūshirō Ukitake primero y del propio Ichigo Kurosaki después provoca un nuevo enfrentamiento en el que Yoruichi Shihōin reaparece para alejar a Ichigo de una muerte segura gracias a su shunpō y a la técnica utsumeni.

El día de la ejecución de Rukia, Byakuya se despide del retrato de Hisana y se muestra resuelto a cumplir la ley, para ello se enfrenta a Renji, que tras su enfrentamiento con Ichigo desea a rescatar a su vieja amiga y superar al Capitán. Aunque Renji usa su recién conseguido bankai (Hihiō Zabimaru) y logra sorprender al noble, Byakuya o derrota de un sólo golpe cuando libera su propio bankai (Senbozakura Kageyoshi), tras lo cual se encamina a la ejecución. Esta es detenida por Ichigo en colaboración con el propio Renji y Capitanes como Shunsui Kyōraku y Jūshirō Ukitake. Ichigo derrota a tres Subcapitanes y debe enfrentarse a Byakuya, decidido aún a respetar la ley por encima de todo.

Tras usar sus respectivos shikais en un igualado duelo, Byakuya e Ichigo usan sus liberaciones completas en un duelo en el que Byakuya ve su orgullo pisoteado por el insolente joven. La velocidad de Tensa Zangetsu supera las innumerables cuchillas de Byakuya, pero cuando este decide usar el Senkei Senbonzakura Kageyoshi Ichigo es derrotado. Cuando todo parece perdido su hollow interno toma el control y ataca por sorpresa a Byakuya, que recibe varias heridas. Finalmente Byakuya utiliza su Shūkei Hakuteiken contra el ataque definitivo de Ichigo. Ambos resultan gravemente heridos, pero Byakuya acepta su fracaso al no poder perseguir a Rukia y admite la victoria de Ichigo.

Poco después cuando Sōsuke Aizen extrae el hōgyoku de Rukia en colaboración con Gin Ichimaru y Kaname Tōsen Byakuya salva a su hermana de una muerte segura a pesar de sus heridas y una vez los traidores huyen a Hueco Mundo este se reconcilia y disculpa con Rukia. Su curación corre a cargo de Retsu Unohana y días después tras solventar su conflicto con Renji y recuperarse, asiste a la marcha de Ichigo y los suyos de vuelta al mundo humano.